Там же было принято решение о проведении всеобщих президентских выборов. Для участия в выборах 24 ноября 1991 года были зарегистрированы 11 кандидатов. Однако основная конкуренция развернулась между двумя кандидатами – бывшим Первым секретарем Коммунистической партии Таджикистана Рахмоном Набиевым и председателем Союза кинематографистов СССР, известным таджикским режиссером Давлатом Худоназаровым.

По оценке Ибрагима Усманова, одного из политических деятелей 90-х годов, который был доверенным лицом кандидата Рахмона Набиева это были самые свободные выборы в истории страны.

Рахмон Набиев, по официальным данным, в день голосования набрал 56 процентов голосов, став первым президентом Таджикистана, победившим на всеобщих выборах.Однако ему не удалось стабилизировать политическую ситуацию в стране.

В конце марта 1992 года на площади «Шахидон» в Душанбе начались демонстрации оппозиции, которая включала в себя сторонников Партии Исламского возрождения (ПИВТ, запрещена в сентябре 2015 года решением Верховного суда Таджикистана), Демократической партии и общественной организации «Лаьли Бадахшон». Протестующие требовали равного доступа к власти, честных выборов и демократических реформ. После митинга оппозиции представители власти вывели своих сторонников на другую площадь - «Озоди».

По мнению экспертов Human Rights Watch, одним из важных мотивов противостояния была межрегиональная напряженность, которая была связана с непропорциональным представительством в центральных органах власти выходцев из разных регионов страны.

7 сентября 1992 года Рахмон Набиев в аэропорту Душанбе по принуждению оппозиции написал заявление об отставке. Вместо него исполнителем полномочий президента стал глава Верховного совета Акбаршо Искандаров.

Военные действия продолжались и в ноябре было достигнуто согласие обеих сторон на проведение 16-й сессии Верховного Совета в Худжанде. На этой сессии председателем Верховного Совета Таджикистана был избран 40-летний Эмомали Рахмон, который получил полномочия главы государства.После этого Эмомали Рахмону удалось взять под контроль всю территорию Душанбе и вытеснить вооруженную оппозицию зарубеж, главным образом в Афганистан, благодаря военной помощи России и Узбекистана. Все оппозиционные партии и издания были запрещены в июне 1993 года решениями Верховного суда, ряд оппозиционных политиков арестовали.

В ноябре 1994 года, когда гражданская война еще не была завершена, в Таджикистане прошли президентские выборы, на которых с результатом 59,5 процентов голосов победил Эмомали Рахмон. Единственным альтернативным кандидатом на выборах был посол Таджикистана в России и бывший премьер-министр Абдумалик Абдуллоджонов, который набрал 34,7 процента голосов. По данным правозащитников, во время выборов широко использовался административный ресурс в пользу Эмомали Рахмона.

В 1995 году состоялись парламентские выборы, по результатам которых в парламент прошли много лидеров и полевых командиров Народного фронта. Парламент 1995 года обладал значительной степенью автономии от центральной власти, некоторые из депутатов пытались играть самостоятельную роль и даже претендовали на лидерство.

Президенту Эмомали Рахмону для того, чтобы упрочить свою власть было необходимо решить несколько важнейших внутриполитических задач. Первое – завершить гражданскую войну, накал которой к 1994 году значительно снизился. Война длившаяся пять лет унесла жизни десятков тысяч человек. Погибли многие известные люди страны, в том числе ученые, общественные деятели, журналисты. Десятки тысяч граждан Таджикистана бежали из страны, опасаясь физической расправы.

На основании этого документа была сформирована Комиссия по национальному примирению. Представители оппозиции, прежде всего, Партии исламского возрождения, получили 30 процентов государственных должностей. Также были проведены амнистия для оппозиционеров и легализация запрещенных прежде оппозиционных партий. В страну вернулись десятки тысяч таджикских беженцев.

Однако соглашение о мире только частично стабилизировало ситуацию. К тому времени обострились отношения между президентом Эмомали Рахмоном и его союзниками по Народному фронту.

Еще в январе 1996 года Махмуд Худобердыев, влиятельный командир Народного фронта предъявил ультиматум центральной власти и угрожал вторжением в Душанбе. Властям в конечном итоге удалось вытеснить его в Узбекистан, но в ноябре 1998 года Махмуд Худобердыев совершил масштабное вторжение на север Таджикистана. В подавлении этого мятежа принимали участие бойцы бывшей оппозиции.

Также в августе 1997 после вооруженных столкновений в Душанбе был нейтрализован другой влиятельный деятель Народного фронта, бывший министр внутренних дел Якуб Салимов. Он покинул страну, но впоследствии был арестован и осужден. Действуя методом «пряника и кнута», центральной власти к началу нулевых годов удалось разоружить или даже уничтожить вооруженную оппозицию - новую и старую. Таким образом, фактор «человека с ружьем» был сведен к минимуму. В ноябре 1999 года президент Эмомали Рахмон практически без конкуренции победил на президентских выборах с официальным результатом в 97,6%. Оппозиционному кандидату от ПИВТ Давлату Усмону даже не удалось набрать 145 000 подписей, необходимых для регистрации.

Ранее в стране провели референдум о поправках в Конституцию, согласно которым был увеличен срок полномочий президента республики с пяти до семи лет (но он мог избираться только на один срок). Также был учрежден двухпалатный парламент, во главе которого встал бывший мэр Душанбе Махмадсаид Убайдуллоев, и была разрешена регистрация религиозных политических партий.

Также по итогам выборов 2000 года, боевики не смогли попасть в Маджлиси намояндагон - нижнюю палату парламента. Этот парламент уже полностью был подконтролен президенту Эмомали Рахмону, в него смогли пройти только два депутата от недавно легализованной оппозиционной партии Исламского возрождения Таджикистана. По мнению таджикского журналиста Раджаба Мирзо, парламентские выборы 2000 года фактически означали поражение оппозиции, поскольку ни одному из известных светских оппозиционеров не удалось стать депутатом.

«На самом деле проверка политических сил началась во время президентских выборов 1999 года. И правительство тогда правильно осознало, что оппозиционные силы не смогли создать реальной коалиции из-за серьезных противоречий по ряду политических вопросов (отношения к светскости и религии) и дележа власти», - сказал Раджаб Мирзо, имея ввиду, что государственные должности по 30% квоте получили в основном члены ПИВТ. Также центральная власть смогла упрочить свое положение в регионах, хотя на местах, особенно в Горно-Бадахшанской автономной области, еще сохраняли влияние местные неформальные лидеры, составлявшие конкуренцию центральной власти.

Начало 2000-х годов можно назвать временем сравнительного расцвета политического плюрализма и свободы слова в Таджикистане. В начале 2000-х годов в стране появились многие независимые издания и были созданы оппозиционные политические партии.

У некоторых из партий были сравнительно популярные печатные издания. Сразу несколько партий обладали реальной независимостью - старейшие Демократическая партия и ПИВТ. Также в 2002 году была зарегистрирована Социал-демократическая партия Таджикистана (СДПТ), которую возглавил известный таджикский юрист и правозащитник Рахматилло Зойиров.

В печати появлялись беспрецедентно смелые публикации, в которых критиковались первые лица страны. Также проводились публичные мероприятия, на которых представители различных партий высказывали свои мнения о развитии страны и открыто критиковали власти.

По официальным итогам парламентских выборов, которые состоялись 27 февраля 2005 года, победу одержала Народно-демократическая партия Таджикистана во главе с президентом Эмомали Рахмоновым, которая получила большинство (41 из 63 мест). В парламент вновь смогли пройти только два оппозиционных депутата от ПИВТ.В ОБСЕ заявили что эти выборы не удовлетворяли многим ключевым международным стандартам демократических выборов.

Несмотря на давление на СМИ и правозащитников, в те годы власть не стала прибегать к репрессиям против политиков и общественных деятелей. Президентские выборы 2006 года не стали уже для власти большим испытанием. Формальную конкуренцию для действующего президента представляли лидеры подконтрольных власти партий. Реальные оппозиционные партии - ПИВТ, Демократическая партия, Социал-демократическая партия - эти выборы бойкотировали, посчитав их исход заранее решённым. В результате Эмомали Рахмон набрал 79,3%.

После выборов власти снизили давление на СМИ. Однако сектор полностью не смог восстановиться.

После цикла избирательных мероприятий президент Эмомали Рахмон продолжил усиливать свое влияние в регионах.

В конце мая 2008 года в Кулябе таджикские силовики взяли штурмом дом Сухроба Лангариева - представителя влиятельной в регионе семьи Лангариевых. Среди задержанных были сам Сухроб Лангариев и Нурмахмад Сафаров, сын погибшего лидера Народного фронта Сангака Сафарова. Сухроба Лангариева в 2009 году осудили на пожизненный срок по обвинению в организации преступного наркосиндиката, незаконном хранении оружия и других тяжких преступлениях.

Также из власти были удалены прежние соратники президента Эмомали Рахмона. По мнению экспертов, они были излишне самостоятельными и могли проявлять собственные амбиции.

Показательной является судьба Махмадназара Салихова, бывшего генерального прокурора Таджикистана (с ноября 1992 г. по ноябрь 1995 г.). В разные периоды своей карьеры он занимал должности в правоохранительных органах РТ, в том числе дважды руководил исполнительным аппаратом президента. В 2006-2009 годах Салихов занимал пост министра внутренних дел. Однако после отставки не получил другой должности, а в июне 2009 года погиб во время задержания. По официальной версии, Салихов застрелился.

Через месяц, в июле 2009 года, по итогам другой операции таджикских силовиков погиб еще один влиятельный лидер - Мирзо Зиеев, бывший командир оппозиции и бывший глава МЧС (1996-2006 годы), куда он был назначен по 30% квоте. В 2009-2011 годах власти провели несколько военных операций в Раштском районе, полностью взяв его под свой контроль.

После всех этих мероприятий единственным регионом, в котором ещё сохраняли влияние неформальные лидеры, осталась Горно-Бадахшанская автономная республика. Полностью нивелировать влияние несогласных здесь власти смогли в мае 2022 года после проведения в ГБАО военной операции.

В начале 2012 года в российских интернет-изданиях появились сообщения о проведении в ноябре 2011 года правительственного заседания, где был принят «протокол 32-20», в котором таджикским силовикам якобы было поручено оказывать давление на ПИВТ. Генеральная прокуратура Таджикистана подтвердила обсуждение протокола «32-20» на одном из правительственных заседаний с участием Эмомали Рахмона, но содержание документа опровергла.

Тем не менее, во время президентских выборов 2013 года власти начали открытую кампанию по запрещению ПИВТ. Первый призыв о закрытии ПИВТ прозвучал в 2013 году на одной из встреч президента Эмомали Рахмона с религиозными деятелями. В нескольких населенных пунктах разрушили филиалы ПИВТ и возбудили уголовные дела в отношении активистов партии.

В эфире правительственных телеканалов все чаще говорили о недостойном моральном облике членов ПИВТ, эти материалы дублировались многочисленными ботами и троллями в интернете, которые входили в уже упомянутую «фабрику ответов».

Единственной интригой выборов 2013 года было выдвижение известной таджикской правозащитницы Ойнихол Бобоназаровой в качестве единой кандидатки от двух реально оппозиционных партий - ПИВТ и Социал-демократической партии. Однако ей не удалось собрать нужное для регистрации количество подписей. Оппозиционеры говорили, что люди отказывались подписывать из-за страха репрессий.

Поэтому эти две партии вновь объявили о бойкоте выборов и президент Эмомали Рахмон одержал победу с официальным результатом 83,92%.

По мнению наблюдателей от Бюро по демократическим институтам и правам человека ОБСЕ, выборы «характеризовались отсутствием плюрализма и свободы выбора у избирателей, и в целом, не соответствовали стандартам проведения демократических выборов».

В 2015 году, по результатам мартовских парламентских выборов, ПИВТ потеряла представительство в парламенте. Сам лидер ПИВТ Мухиддин Кабири после выборов покинул страну.

В сентябре 2015 года власти заявили о подавлении попытки государственного переворота со стороны бывшего заместителя министра обороны генерала Абдухалима Назарзоды. Официальные СМИ заявили, что этот мятеж был организован ПИВТ. Десятки членов и активистов ПИВТ были арестованы и осуждены на длительные сроки заключений.

Одновременно страну покинули десятки журналистов и правозащитников. Несколько независимых СМИ и правозащитных организаций прекратили свою деятельность.

Новый виток репрессий против СМИ и блогеров произошел в 2022 году. За год как минимум 7 активных таджикских журналистов и блоггеров были арестованы и приговорены к срокам от 7 до 10 лет лишения свободы за «сотрудничество с запрещенными партиями и движениями» в Таджикистане. Ни заявления международных организаций, ни личные обращения к Эмомали Рахмону не помогли пересмотреть приговоры.

Первые годы правления Эмомали Рахмона пришлись на времена гражданской войны. Исходя из этого, можно объяснить почему в эти годы главная ставка делалась на насильственные методы.

По мере стабилизации и окончания гражданской войны в стране произошла некоторая либерализация. В какое-то время уровень самоцензуры СМИ был минимален, в стране появились зачатки гражданского общества, происходила достаточно свободная дискуссия по ряду значимых общественных проблем.

Однако на сущность власти эти процессы мало повлияли. Она всегда была авторитарной. В первые годы правления Эмомали Рахмон иногда был вынужден идти на компромиссы, в том числе с политическими оппонентами, и был вынужден прислушиваться к мнению своего окружения. Со временем ситуация стала меняться. Из власти были изгнаны минимально независимые люди.

Таким образом, к середине 2010-х годов власть президента Эмомали Рахмона в стране стала практически неограниченной. Принцип «лояльность важнее компетентности» стал важнейшим в кадровой политике Таджикистана.

Если ранее в кадровой политике президент Рахмон делал ставку в основном на бывших своих товарищей по Народному фронту, то с этого времени он уже стал назначать на ключевые посты своих ближайших родственников.

В январе 2016 года Эмомали Рахмон назначил свою дочь Озоду главой своего исполнительного аппарата. Сын президента Рустам Эмомали был назначен в 2017 году мэром Душанбе, а в апреле 2020 стал спикером Маджлиси Милли - верхней палаты таджикского парламента. По Конституции, это вторая должность в стране. Все это дало основания говорить о том, что Эмомали Рахмон рассматривает Рустама в качестве преемника.

Во внешней политике таджикские власти официально декларировали принцип многовекторности. Однако в реальности долгие годы главным партнером Душанбе была Москва. В последние годы есть основания говорить о том, что для таджикской власти отношения с Китаем стали главным приоритетом. Другим важным партнером Душанбе стал Иран, хотя отношения с ним развивались непросто - от союзнических до открыто враждебных.