Курманбек Бакиев исполнял обязанности главы государства до внеочередных президентских выборов. По итогам голосования 10 июня 2005 года, он одержал уверенную победу с 88,9% голосов избирателей.
Одним из главных лозунгов политиков, пришедших к власти после революции 2005 года, была реформа Конституции, которую Акаев грубо подогнал под себя. Однако Бакиев не спешил с изменениями, его вполне устраивал «суперпрезидентский» режим.
К осени 2006 года политическая обстановка в стране обострилась, звучали требования отставки президента и начались бессрочные митинги. В итоге в ноябре и декабре были подготовлены два варианта Конституции, однако 14 сентября 2007 года Конституционный суд отменил их действия. В силу вновь вступила редакция 2003 года, согласно которой президент мог избираться более двух раз.
21 октября того же года по указу Бакиева состоялся очередной референдум, в ходе которого была принята новая редакция Конституции. Главным отличием стало то, что парламент стал партийным, а один и тот же человек не мог становиться президентом более двух сроков подряд.
В 2009 году Бакиев во второй раз стал президентом. По итогам голосования он набрал более 76 процентов голосов. Однако его оппоненты заявили о массовых нарушениях в ходе подготовки и проведения выборов.
В плане кадровой политики Курманбек Бакиев уже в скором времени не просто стал наступать на те же грабли, что и Акаев, но и серьезно усугублять их. В стране вновь сложилось семейно-клановое управление, а его дети и братья обладали влиянием практически во всех сферах жизнедеятельности государства.
Старший сын президента - Марат - был заместителем главы Службы Национальной Безопасности, а родной брат - Жаныш Бакиев - возглавлял Службу госохраны. Младший сын - Максим - в 2009 году занял кресло директора в Центральном агентстве по развитию, инвестициям и инновациям (ЦАРИИ). Он контролировал все финансовые потоки в государстве, а его имя неоднократно связывали с крупнейшими компаниями страны.
На период правления Бакиевых пришлась и череда громких убийств бизнесменов, депутатов, известного каскадера Усена Кудайбергенова, спортсмена Раатбека Санатбаева, журналиста Геннадия Павлюка и экс-главы администрации президента Медета Садыркулова.
В то же время в Кыргызстане сохранялся низкий уровень жизни, а тарифы на электричество и тепло выросли в два раза. Из-за кризиса в энергетике были введены веерные отключения и люди часами сидели без света. Ко всему прочему в январе 2010 года был установлен налог в размере двух центов за соединение по мобильной связи. Позже говорилось, что эти деньги шли напрямую на счета ОАО «АзияУниверсалБанк», которые принадлежали Максиму Бакиеву.
По мнению кандидата политических наук Чинары Эсенгул, годы президентства Курманбека Бакиева были наихудшие и стали большим шагом назад для Кыргызстана.
«То есть у нас без того слабая сырьевая база. Например, нет нефти и газа, как у Казахстана и Туркменистана. В результате этого в целом экономика страны менее развита. А в те годы мы еще больше скатились в коррупционные схемы, семейное управление и выкачивание из страны тех малых, но все же имеющихся ресурсов», - отмечает она.
Политолог Медет Тюлегенов также считает, что в годы правления Бакиева был серьезный откат от многих процессов демократизации. Особенно, по его словам, это касается периода с 2007 по 2010 годы.